Figlio di un farmacista padovano, divenne sordo a causa di una meningite che lo colpì all'età di 3 anni. Si trasferì a Siena, per frequentare la scuola per sordi presso l'Istituto "Tommaso Pendola", retto dai Padri scolopi: gli furono insegnati la lettura labiale e il metodo dell'oralismo, e imparò a parlare. Nel 1905 ritornò a Pojana dove si dedicò all'arte grafica specializzandosi in linotipia (sulla quale scrisse alcuni libri) e fondando una scuola d'arte.
Guidato da una grande fede cristiana e con tanto coraggio A. Magarotto aveva trovato la forza di reagire alla minorazione fisica che lo aveva colpito e spinto da uno spirito di solidarietà fin da giovane iniziò la sua opera di redenzione dei fratelli sordomuti per favorirne il recupero e l’inserimento

Prima scuola nella società e nel mondo del lavoro Ricordiamo che fino al 1922 non esisteva in Italia alcuna legge sulla obbligatorietà dell’istruzione elementare ai sordomuti e che solo nel 1923 (Legge 31/12/1923 n° 3126) attraverso lotte e sacrifici si giunse alla prima conquista sociale che fu quella dell’istruzione elementare obbligatoria per i sordomuti. Ma l’opera di A. Magarotto, e di quanti come lui credevano nella pari dignità sociale degli audiolesi,Nel 1932, a Padova, in occasione della festa di Sant'Antonio fondò insieme ad altri amici e compagni sordi l'Ente Nazionale Sordomuti, del quale fu presidente dal 1932 al 1950.

A Washington, nel 1964, gli fu conferita la laurea honoris causa dal Gallaudet College (oggi Gallaudet University) come maestro-educatore dei sordi, che ha dedicato la sua vita all'educazione ed all'istruzione dei suoi "fratelli".